Склонение зависит от происхождения фамилии. Если это фамилия славянского происхождения (типа Долгих, Гладких), она не склоняется. Если это иноязычная фамилия (типа Дитрих), она склоняется.
В современном русском языке в этом слове выделяется корень сдоб-. Слова сдоба, сдобный — единственные исключения из правила о том, что в начале корней пишутся зг, зд (ни зги не видно, здесь, здание, здоровье). Исторически здесь с- не приставка, а корень *sъ «хорошо, благо». Предполагают, что сдоба — соединение двух корней, где второй корень доба — «добрый, пышный». То есть буквально сдоба — «приправа, делающая (тесто) хорошим (вкусным)».
В слове подушечка корень подушеч- и суффикс -к-. В корне чередование -к- // -еч-.
Для русского языка правило такое. В большинстве случаев при возникновении затруднений с постановкой ударения нужно обращаться к словарю.
Алломорф – это вариант морфемы, например: [дуп] – [дуб], брать – беру, весной – весною. Вы имеете в виду варианты [обуф'] (обувь) – [обув] (обувной)?