Вы ведете речь о смысловых, а точнее — логико-понятийных основаниях употребления сложных слов. Если такие основания считать «правилами», то можно их называть логико-понятийными.

О словах есть и кушать см. в «Словаре трудностей».

По правилам названия отделов и частей учреждений и организаций пишутся со строчной буквы. См. § 193 в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

1. Действительно, повторения двоеточий в одном предложении следует избегать, и если в предложении возникает необходимость в постановке двух двоеточий, то одно из них заменяют тире. Такая замена допустима правилами — см., например, примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Добавим, что в данном случае вполне возможно разделить одно предложение на два: Мария слышит, что её вопросы даже звучат глупо. Она прекрасно знает брата: тот никогда бы не опустился до лжи, если бы не крайние обстоятельства.

2. Тире здесь, как и в предыдущем примере, допустимо, но двоеточие предпочтительно. Кроме того, возможна постановка запятой, потому что слово ведь в таком контексте может рассматриваться не только как частица, но и как союз. Если оставлять тире, то перед ним нужно убрать запятую: в этом случае для ее постановки нет оснований.

Нормативными руководствами употребление предлога в подобных контекстах не регламентировано. В практике письма встречаются оба варианта, причем предлог об употребляется чаще.

В примерах 4 и 5 уместнее использовать тире вместо двоеточия и запятой соответственно.

Здесь нужна запятая. Запятая между главной частью и придаточной не ставится, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз или частица и. Но при обратном порядке главной и придаточной частей запятая ставится, ср. пример, приводимый Д. Э. Розенталем: Как звали этого мальчика, и не припомню.

Слово спасибо выделяется или не выделяется запятыми в зависимости от синтаксических условий. Обычно оно представляет собой этикетную реплику, которая образует либо отдельное предложение, либо отдельную часть предложения, например: «Хотите чаю?» — «Спасибо, с удовольствием». От слова спасибо может зависеть придаточная часть, которая отделяется запятой по правилу постановки знаков препинания в сложноподчиненном предложении: Спасибо, что предупредили. Иногда слово спасибо употребляется как существительное, в значении «благодарность»: Из спасибо шубы не сошьешь (в этом случае нет оснований для его выделения). Довольно часто от слова спасибо зависят существительные (с предлогом или без), они не отделяются от него знаками препинания: Спасибо за внимание; Спасибо на добром слове; Спасибо вам, что предупредили.

Предпочтителен первый вариант: Технологии борьбы с механическими примесями.

Если слова нет в нормативных словарях, говорить о правильном написании и употреблении рано. В этом случае следует ориентироваться на вариант, принятый в сообществе.