Корректно написание со строчной буквы: епархиальный архиерей.
Для ответа на Ваш вопрос нужен более широкий контекст.
Правильно: заведующая кафедрой Иванова.
Фамилия, имя, отчество здесь запятыми не выделяются. Правильно: в лице директора Иванова Ивана Ивановича, действующего на основании доверенности...
Корректная форма: в связи с достижением Ивановым Иваном Сергеевичем совершеннолетия.
Обратите внимание, что такое употребление возможно только в официально-деловой речи (в документах). В остальных случаях предложение следует перестроить.
Дополнительные знаки препинания не требуются.
Форма мужского рода (исполняющий обязанности) по отношению к женщине используется в тех случаях, когда в контексте на первое место выдвигается сообщение о должности безотносительно к полу лица (обычно в строгой официально-деловой речи). В обиходной письменной и тем более устной речи следует использовать форму женского рода.
Запятая не нужна.