Орфографическая рекомендация — писать такие обозначения через дефис. Они зафиксированы в примечании в правилах о написании географических названий.
Вильна - женского рода. Вильно и Вильнюс - мужского. Источник: Е. А. Левашов. Географические названия. Словарь-справочник. СПб., 2000.
Словарь Е. А. Левашова «Географические названия» фиксирует прилагательное часовярский. Но на практике в большинстве случаев используется вариант часовоярский.
Оба варианта возможны: в Панино и в Панине, но: в селе Панино.
См. также: Как склонять географические названия?
Правильно: на Неве, на реке Неве, в Москве, в городе Москве. О склонении географических названий см. в «Письмовнике».
Верны оба варианта – склоняемый и несклоняемый: в Иванове и в Иваново. См. в «Письмовнике»: Как склонять географические названия?
Географические названия среднего рода, оканчивающиеся на -е, чаще не склоняются в сочетании со словом город: у города Межгорье.
Корректно: в Самаре, в городе Самаре, на Вольской улице. Подробно о склонении географических названий см. в «Письмовнике».
Нормативно: города Октябрьского. В официально-деловой речи географические названия в сочетании с родовым словом часто остаются несклоняемыми (вопреки литературной норме).