В указанном месте находится так называемый стык союзов. Запятая в таких случаях ставится или не ставится в зависимости от того, следует ли далее одиночный или двойной союз; см. параграф 123 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). Союз когда одиночный (теоретически при нем могла бы быть вторая часть то), а значит, запятая нужна: Ведь мы забываем, что, когда мы кушаем, через некоторое время то, что мы кушаем, становится частью нас.
Приложение правда, относящееся к личному местоимению она, требует обособления; причастный оборот добытая с таким трудом относится к следующему затем сочетанию определения-прилагательного горькая и определяемого слова правда, а в таких случаях запятая перед прилагательным не ставится (см. параграф 38 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина): Вот она, добытая с таким трудом горькая правда! Поскольку приложение распространено и стоит в конце предллжения, возможен вариант с тире вместо запятой: Вот она — добытая с таким трудом горькая правда!
В сочетании г. Пермь Пермской области зависимые слова Пермской области, грамматически связанные с существительным Пермь, играют при нем роль несогласованного определения, называющего постоянный признак (см. параграф 53 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина и приведенный в нем пример табуретки с золочеными ножками).
Во втором приведенном Вами случае сочетание Пермская область грамматически не связано со словом Пермь, оно несет в себе дополнительную информацию, а потому его уместно оформить как вставку в скобках: г. Пермь (Пермская область).
В случае если подчеркивается отрицание, не правда следует писать раздельно как в вопросительных, так и в повествовательных предложениях.
Что касается второго примера, то в нем выражается утверждение признака, поэтому неправда пишется слитно. В данном случае нельзя руководствоваться только формальным строением предложения (наличием слова разве). Как сказано в академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина, пишущий должен отдавать себе отчет в том, что он хочет выразить: отрицание признака или утверждение признака. От выбора написания будет зависеть и понимание написанного читающими.
Мы никого не обязываем и ни к чему не принуждаем. Мы рассказываем о том, какова современная норма, – с опорой на словари и справочники. Написание Сеть и Паутина с прописной (в значении 'об Интернете') зафиксировано, например, в академическом «Русском орфографическом словаре» под ред В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой (4-е изд. М., 2012). Написание с прописной объяснимо: эти слова употребляются здесь не в своем обычном значении, не как нарицательные существительные, они заменяют имя собственное – название компьютерной сети Интернет.
Действительно, в своде правил 1956 года было такое правило: при переносе слов с приставками нельзя оставлять в конце строки при приставке начальную часть корня, не составляющую слога (неправильно: прис-лать, отс-транять; правильно: при-слать, от-странять).
Сейчас это правило смягчилось: речь идет уже не о строгой обязательности, а о предпочтительности переносов при-слать, от-странять при допустимых переносах прис-лать, отс-транять и отст-ранять (см.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006). Поэтому перенос ус-троились допустим.
Запятая поставлена правильно. Оборот с предлогом кроме имеет два значения: одно совпадает со значением слов за исключением, т. е. имеет значение исключения из ряда подобных предметов, другое – это обозначение включения в ряд подобных предметов (т. е. значение «дополнительно, вдобавок к чему-либо»). В настоящее время различия в значениях оборотов со словом кроме не сказываются на пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение запятыми. Однако в прошлом обороты со значением включения знаками препинания не выделялись.
Предлог согласно всегда требует формы дательного падежа, исключений нет. Род слова который должен соответствовать роду соответствующего существительного: слово документация женского рода, поэтому верно: согласно которой.
Первое предложение следует перестроить или разделить на два. Дело в том, что местоимение который указывает на ближайшее к нему существительное того же рода и в том же числе. Здесь таким ближайшим существительным является слово уровень (а по логике фразы это должно быть слово руководство).
Во втором случае верно: Не предоставлена проектная документация, согласно которой...
Лучше разбить второе предложение на два. Например, так: Рассмотрена принципиальная возможность сепарации бедных шеелитовых руд в крупности -50+6 мм с использованием рентгеноабсорбционного метода на оборудовании TOMRA Sorting. В результате исследований установлено, что предварительная сепарация позволяет в 4-5 раз повысить содержание WO3 в питании последующего флотационного передела и выделить до 84% от машинных классов крупности – отвальные по содержанию WO3 хвосты сепарации. В конечном итоге это позволит предприятию снизить капитальные и эксплуатационные затраты при сохранении высоких технологических и экономических показателей.