Полагаем, можно подчеркнуть, указав над буквой я, что она обозначает два звука, подчеркнув дополнительно [й]. Хотя рассуждать можно и иначе: задание — подчеркнуть буквы, обозначающие мягкие согласные звуки, а не буквы обозначающие два звука. Что имели в виду составители задания, трудно разгадать. 

Намек на некомпетентность выражается этой фразой не всегда. А разница в том, что при употреблении глагола совершенного вида подчеркивается факт, который время может и отменить (‘понял, а через некоторое время забыл’), а при употреблении глагола несовершенного вида подчеркивается длительность состояния ‘понимает’.

Вы написали правильно: за Краковом. В этом можно убедиться, воспользовавшись «Словарем собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко или «Письмовником» (рубрика «Пушкиным или Пушкином?»).

В словарях, выложенных на нашем сайте, есть вся интересующая Вас информация о формах слова утро, например: 

Словарь трудностей русского языка

у́тро, у́тра, у́тру, у́тром, об у́тре; но: столько-то часов утра́ (при указании времени), до утра́ (сидеть, не спать, работать и т. п.), с утра́ (прийти, уйти, начать и т. п.), к утру́ (закончить, освободиться и т. п.); мн. у́тра, утр, у́трам, у́трами; но: по утра́м; утра́ми (в утреннее время). 

С прописной буквы пишутся названия высших государственных должностей и титулов в официальных текстах. Если в деловой переписке цитируются такие тексты, прописная буква сохраняется, например: В соответствии с Указом Президента Российской Федерации... За пределами официальных текстов названия должностей пишутся со строчной буквы (в том числе в деловой переписке).

Правильно раздельное написание: Спас на Крови. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012. Служебные слова выделяются двумя дефисами в середине составных географических названий: Ростов-на-Дону, Комсомольск-на-Амуре. В названиях храмов дефисы не пишутся, ср.: Спас на Бору, церковь Покрова на Нерли.