В данном случае тире отделяет пояснительную конструкцию. Для постановки запятой перед тире нет оснований.

Однотипность строения частей этого сложного предложения не оставляет сомнений в том, что в каждой из них своё обстоятельство места: в первой — за поворотом реки, во второй — за рекой. Части не объединены каким-либо общим элементом, поэтому запятая нужна: Пароход громко свистит за поворотом реки, да петухи орут за рекой. 

Эти словосочетания являются примером омофонических фраз. Хотя данные выражения не совпадают полностью и их ударения различаются, они представляют интересный эффект омонимии на уровне фраз. Несмотря на различие в ударении в слове несуразные и фразе несу разные, при беглом прослушивании они могут восприниматься схоже за счет общего звучания отдельных составляющих (например, несу в обеих) и сходства в ритме.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Да, в подобных предложениях слова или Катастрофу, или лесные братья играют роль пояснительных членов предложения и выделяются запятыми.

Кавычки не нужны.

Это просто опечатка пользователя форума.

Такое употребление корректно.

Корректная пунктуация: России, как единственной стране, в которой, в силу грандиозного опыта ХХ века, еще сохранились альтернативные экономические школы, выпал уникальный исторический шанс.

Запятые на месте вопросительных знаков нужны.