Верно: ...44 образовательных учреждения.
Зпаятые не требуются, союз и на это не влияет: Он прибудет сюда через 13 часов 53 минуты и 20 секунд. На это у него ушло 2 года 10 месяцев 5 дней 13 часов 53 минуты и 20 секунд.
Верно: ...составил 85 тысяч 21 копейку.
Оба варианта правильны.
Как правило, сказуемое ставится в форме единственного числа. Подробно см. в Письмовнике.
Верен первый вариант.
Верно: На собеседование пришла 21 девушка.
Верно: оформлен 21 протокол.
К сожалению, Вы ошибаетесь. Сочетания родовых и видовых наименований в русском языке очень частотны: город Москва, месяц июнь, сеть Интернет, животное корова и т. д. Выражение июнь месяц неграмотным не является. Более того, это и подобные выражения получают фиксацию в словарях русского языка: http://gramota.ru/slovari/dic/?word=*%EC%E5%F1%FF%F6&all=x
Также должны заметить, что Песнь царя Соломона принято именовать именно так: Песнь песней.
В канцелярской речи такой оборот вполне возможен.
