Корректно: То, что дала природа, сложно изменить.
Правильно: Кто бы что ни говорил.
Запятая не ставится.
Если а то -- это союз (значения союза а то см. в окне «Искать на Грамоте»), запятая не требуется.
Соответствует правилам такая пунктуация: То, что не стереть, как сильно ни три, — свобода — это то, что у меня внутри! Однако предложение воспринимается плохо, поэтому лучше его перестроить.