В этом случае следует использовать тире.
Верно: портфолио учащегося.
При таком построении предложения правильно: Просим Вас поощрить следующих учащихся: Иванову А. П. (3-я гр.), Петрова В. К. (4-я гр.). Если нужно, чтобы фамилии стояли в именительном падеже, то нужно перестроить текст обращения.
Корректно: Авторы иллюстраций – учащиеся 5-го класса Иванов Игорь, Серова Полина, Макарова Елена.
В данном случае оборот с предлогом исходя из тесно связан со сказуемым, поэтому запятая перед ним не требуется.
В этих случаях деепричастные обороты не требуют постановки запятых, поскольку они выполняют роль обстоятельств образа действия, тесно связаны по содержанию со сказуемым и образуют смысловой центр высказывания (см. примечание 1 к параграфу 20.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).
Корректно: ...набор учащихся в 9-е классы или набор учащихся, окончивших 9-й класс.
У слова семинарист в русском литературном языке только одно значение: ученик семинарии. Как языковая игра такое употребление («семинаристы» в значении 'участники семинара') допустимо, но тогда обязательны кавычки, указывающие на использование слова не в своем обычном значении.
В данном предложении запятая не требуется.