Правильно: И через морозный и терпкий бензиновый и скотий запах, и через пахучую сладость и горечь женской косметики они оба чуяли дух близкого человека.

Некоторые однородные члены, соединенные союзом и, в этом предложении объединены в пары: морозный и терпкий, бензиновый и скотий, сладость и горечь. При этом определения морозный и терпкий с одной стороны и бензиновый и скотий с другой стороны не являются однородными, так как обозначают разные признаки.

Знаки препинания во фрагменте предложения расставлены корректно, присоединительная конструкция с союзом в том числе выделяется запятыми с двух сторон.

Мне всегда везёт с ними — это отдельное предложение, грамматически не связанное с остальными частями высказывания (они образуют сложноподчиненное предложение Я договорился с подрядчиками, чтобы остатками асфальта залатали ямы). Иначе говоря, это вставная конструкция. Наиболее уместны в таком случае скобки: Я договорился с подрядчиками (мне всегда везёт с ними), чтобы остатками асфальта залатали ямы.

Приложения начальник отдела и физорг неоднородные (характеризуют человека с разных сторон), поэтому знаки препинания не требуются. При этом можно рассматривать сочетание физорг Алексей Степанович пояснением к сочетанию начальник отдела (особенно если основной темой текста является этот отдел) и поставить тире: За спортивный дух отвечает начальник отдела — физорг Алексей Степанович.

Кавычки не требуются, соединительное тире отбивается пробелами с двух сторон: Выбор пары донор — реципиент осуществляется...

Возможны оба варианта — как с запятой, так и без нее. Определения большой и интересный характеризуют предмет с разных сторон, то есть являются неоднородными, однако в условиях контекста могут объединяться сходством производимого ими впечатления и становиться однородными. Сравним примеры, приведенные в пункте 3 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: нитчатые, изумрудно-зелёные водоросли; лунный, ясный вечер; густой, чёрный дым; бледное, строгое лицо и т. д.

Пунктуация верна. Слово значит выступает здесь и как союз, и как вводное слово. См. ответ на вопрос № 324426.

Да, в данном предложении в конце концов является наречием (со значением «после всего, в результате всего») и не должно выделяться запятыми.

При употреблении не в начале предложения (или части сложного предложения) слова опять же не являются вводными: В газировке содержатся пузырьки газа, которые опять же накапливаются у тебя в желудке.

Между однородными сказуемыми находится придаточное предложение что не желает оскорблять ушей учёного немца, которое выделяется запятыми с двух сторон. Запятая перед союзом и закрывает это придаточное предложение.