Да, вероятнее всего, этимологически слова синий и синица связаны друг с другом. Синица названа так по цвету оперения (в котором в верхней части тела преобладают синий и зеленовато-голубой цвета). Хотя среди лингвистов есть и другое мнение (что современное синица восходит к зиница от звукоподражания зинь и птица получила свое название сначала по характерным для нее звукам, а затем уже по цвету оперения), тем не менее большинство ученых все же возводят синица к синий.

В современном русском языке в слове синица выделяется корень син- и суффикс -иц.

Выражение синий чулок (от него образовано встреченное Вами слово синечулочница) употребляется, когда говорят о педантичной женщине, лишенной обаяния и женственности, поглощенной лишь научными интересами. Возникло в Англии в 80-е гг. XVIII в. Происхождение связывают с шутливым названием общества, в котором проводились беседы на научные, литературные и прочие возвышенные темы. «Обществом синего чулка» назвал его голландский генерал Боскавен в бытность свою в Англии, т. к. душою бесед был ученый Бенджамен Стеллингфлит, который, пренебрегая модой, при темном платье носил синие чулки. По другим источникам, между женщинами там особенно отличалась некая Стиллингфлит, которую называли blue stocking, потому что она носила синие чулки.

Обстоятельства, выраженные существительным с предлогом по мере обособляются факультативно (необязательно). В данном случае, так как обстоятельство не сильно распространено, запятую лучше не ставить.

Красным цветом отмечается основное ударение в слове, а синим цветом – побочное ударение.