Правильно: на севере Германии, на юге Франции. Слово Север пишется с большой буквы в значении 'полярные и приполярные территории, Арктика' (Кольский Север, Крайний Север), также: Война Севера и Юга (в истории США).
Первый вариант написания правильный.