Первый вариант предпочтителен.
Верно: города Хабаровска.
Правильно: панорама города Пятигорска.
Корректно: на площади (города) Ханты-Мансийска.
Корректно: уроженец Вологды. В канцелярской речи: уроженец города Вологды.
Правильно раздельное написание.
Верно: города Тирасполя.