В первом предложении имеется пояснительная конструкция, во втором — уточняющая. Те и другие выделяются парными знаками — запятыми или тире. Во втором предложении предпочтительны запятые как основной знак для обособления уточняющих членов предложения, в первом — тире, поскольку сочетание «Печатные СМИ» и «Социальные проекты» может быть понято и как ряд однородных членов, находящийся в середине предложения и имеющий значение попутного замечания.

Знаки препинания в предложении уже расставлены правильно.

Верно: Методические указания разработаны для использования взамен сборника «Наименование» (Сургут, 2009) в части инженерно-телеметрического сопровождения в связи с изменениями...

Если прямая речь выполняет функцию какого-либо члена предложения, двоеточие перед ней не ставится: Сначала это значило «Кого назвала — тот и захотел» (здесь прямая речь, представляющая собой «перевод» реально сказанных слов, замещает позицию дополнения). Глаголы и глагольные словосочетания, обозначающие движения и выражения лица (к ним относятся и тянуть руки, и глаза светились), могут использоваться в качестве слов, вводящих прямую речь: Но через пару занятий студенты уже сами начали тянуть руки, глаза светились: «Я хочу!»

Верно: Няня уверена, что крещёная вода целебная, и мы тоже знали, что чем раньше почерпнуть освящённой воды, тем она святее.

Первые определения не однородны, запятая не требуется; между нераспространенным вторым и распространенным третьим определением ставится одиночная запятая, то есть они однородны: Чехол, сшитый из плотной брезентовой, слегка блестящей ткани.

Действительно, в данном случае возможны обе трактовки слов автора: 1) как отдельного предложения (и тогда верно их написание с прописной буквы), 2) как сочетания с глаголом, вводящим прямую речь (глагол грозить, обозначающий жест, вполне может использоваться как заменитель глагола речи). Согласимся, что первая трактовка уместна, если слова и жест не одновременны, а вторая — если одновременны. Заметим при этом, что во втором случае нужно изменить порядок слов, выдвинув глагол в начальную позицию:

— Следи-ка за братиком повнимательнее, он уж больно заинтересованно на утюг смотрит, — грозит пальцем мама Наташе.

Нужно обособить оборот с предлогом несмотря на: Но, несмотря ни на что, он всегда будет красивым.

Вы корректно расставили знаки препинания в предложении. Придаточная часть если он всё же не подошел вам должна быть обособлена.

Правильно: И через морозный и терпкий бензиновый и скотий запах, и через пахучую сладость и горечь женской косметики они оба чуяли дух близкого человека.

Некоторые однородные члены, соединенные союзом и, в этом предложении объединены в пары: морозный и терпкий, бензиновый и скотий, сладость и горечь. При этом определения морозный и терпкий с одной стороны и бензиновый и скотий с другой стороны не являются однородными, так как обозначают разные признаки.