Вот что говорится о фамилии Дунаев в этимологическом словаре Ю. А. Федосюка «Русские фамилии» (М., 1996). Всякий вспомнит реку Дунай, но дело не так просто. Дунай протекал далеко от древнерусских заселенных территорий. Слово «Дунай» было издавна в почете у восточных славян и как личное имя, и как элемент песенных припевов. Загадка до сих пор не разрешена, полагают, что Дунаем восточные славяне-язычники называли любую быструю и полноводную реку, а имя Дунай давали детям в честь такой реки, вернее, в честь духа такой реки.
В корне приведенных Вами слов есть чередование, но это особый тип чередования: перед суффиксом -ова-(-ева-) появляется ударная а, хотя в других случаях пишется проверяемая о (ср.: опоздать — поздно — опаздывать, смотреть — смотр — высматривать, глотать — глотка — проглатывать). Такие корни описывают как особый случай основного правила о проверяемых безударных гласных и считают проверяемыми, но с ограничением на проверку: не проверять словами с суффиксом -ова-(-ева-). См., например, здесь.
Да, их можно назвать алломорфами.
Корни: скатерт- и сковород-.
Пожалуйста, обратитесь к "Учебнику Грамоты": http://www.gramota.ru/class/coach/tbgramota/
Наречное сочетание от корки до корки приводится в словарных статьях слова корка как устойчивое выражение. Внутри устойчивых выражений нет оснований ставить знаки препинания. Возможно, в специфических условиях контекста (например, когда на письме передается устная речь какого-то говорящего, который сделал продолжительную паузу перед второй частью выражения) будет уместно интонационное тире.