О фонетических причинах перехода ударения написано в нашем ответе, который Вы процитировали. Фонетические законы очень сильные, иногда они вступают в противоречие с нефонетической логикой. 

Слово образовано с нарушением словообразовательных норм: вступают в противоречие совершенный вид производящего глагола и значение суффикса -ущ-(-ющ-), образующего причастия наст. времени.  

В обоих случаях следует писать слитно: неважно; неполученная польза.

Действительно, в словах отсутствие заявки, поданной в службу технической поддержки подрядчика есть противоречие. Эту часть следует перестроить.

Но есть еще один спорный момент. Точно ли тот факт, что в письме нет реквизитов заявки, значит, что заявку не подали в службу технической поддержки? От этого зависит формулировка всего предложения.

Возможно, фразу следует перестроить так: Письма территориальных подразделений о несоблюдении подрядчиком условий контракта, не содержащие реквизитов заявки в службу технической поддержки подрядчика, управление будет возвращать без рассмотрения и с запросом представить объяснительную записку о причинах, по которым реквизиты заявки отсутствуют.

Органы управления образованием = органы, управляющие образованием. Органы управления образования = органы, входящие в состав такого органа, как управление образования.

Извините за задержку с ответом. Здесь противоречие в академических лингвистических источниках, мы обсуждали этот вопрос с нашими коллегами – Е. В. Бешенковой и О. Е. Ивановой, сотрудниками Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН. Дело в том, что дефисное написание приведено в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации», откуда проникло и в наши ответы. А «Русский орфографический словарь» рекомендует написание в три слова: вот те раз.

Именно раздельного написания и рекомендуют придерживаться орфографисты, ведь те здесь не обычная частица те, а сокращение слова тебе. Этому те посвящена отдельная статья в орфографическом словаре. Наши коллеги уточнили, что особенностям употребления те (тебе) было посвящено отдельное исследование, проведенное уже после выхода в свет полного академического справочника.

Исправили ответы № 288729 и № 281772, чтобы в наших ответах не было противоречия.

В данном сочетании слово памятник используется в значении "сохранившийся предмет прошлого". Действительно, есть определенное противоречие в употреблении данного слова в сочетании памятник природы, поскольку указанное значение, как правило, характеризует предметы культурного наследия человека (памятники старины,  памятники письменности, архитектуры и т. д.). Тем не менее сочетание памятник природы используется в качестве термина, в этом смысле его употребление корректно.

Пунктуация верна, однако в предложении есть противоречие: сочетание работа считалась указывает на мнение кого-то, кроме говорящего, поэтому вводное сочетание по крайней мере с моей точки зрения здесь неуместно. 

«Справочник по пунктуации», размещенный на нашем портале, составлен на основе тщательного изучения большого корпуса научной и словарно-справочной литературы, а также исследования примеров из классической и современной художественной литературы. Это исследование позволило пересмотреть некоторые рекомендации относительно пунктуационного оформления тех или иных слов и сочетаний. Авторы справочника сталкивались с такими ситуациями, когда слова, обычно описываемые как вводные, на практике почти никогда не обособлялись, и наоборот.

Если речь идет о высшем органе государственной власти в СССР, правильно: Верховный Совет.

Если речь идет о современных органах власти в некоторых субъектах Российской Федерации, наблюдается противоречие между рекомендациями орфографических словарей (Верховный совет, Государственный совет) и употреблением в официальных текстах (Верховный Совет, Государственный Совет). Например, орфографический словарь «Прописная или строчная?» В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой (М., 2011) фиксирует: Верховный совет Республики Хакасия, Государственный совет Республики Коми, но в официальной речи слово совет в этих названиях тоже пишут с большой буквы.