Написание некоторых названий может различаться в зависимости от контекста. Правило таково: торговые названия продуктовых, парфюмерных и т. п. товаров, табачных изделий, марочных вин и других напитков заключаются в кавычки и пишутся с прописной буквы. Однако в бытовом употреблении (при передаче на письме обиходной речи) названия продуктовых и др. товаров пишутся без кавычек со строчной.

Таким образом, на ценнике, в меню и т. д. (там, где название используется как торговое), корректно: суп «Том-ям». В бытовой речи кавычки и прописная уже не нужны: из всех супов больше всего люблю том-ям.

Другие названия, выступающие как имена собственные, сохраняют прописную букву и кавычки во всех контекстах: пицца «Маргарита» (в меню), из всех пицц предпочитаю «Маргариту» (при передаче на письме бытовой речи).

Прилагательное Чебаркульский здесь действительно начинается с прописной буквы, но не потому, что оно образовано от названия города, а потому, что это первое слово в названии организации.

С прописной буквы пишутся названия высших государственных должностей и титулов в официальных текстах. Если в деловой переписке цитируются такие тексты, прописная буква сохраняется, например: В соответствии с Указом Президента Российской Федерации... За пределами официальных текстов названия должностей пишутся со строчной буквы (в том числе в деловой переписке).

С прописной буквы пишется первое слово официального названия: Историко-краеведческий музей АлтГПУ.

Да, слова статья, приложение и т. д., обозначающие части документа, пишутся со строчной буквы.

Слово земля пишется со строчной далеко не только в значении 'почва'. У этого существительного много значений, которые требуют сохранения строчной буквы, например: 'место жизни и деятельности людей', 'поверхность, на которой мы стоим, по которой движемся', 'территория, которая находится в чьём-либо владении или пользовании' и др. Среди них и интересующее нас значение 'какое-либо государственное образование, а также какая-либо достаточно большая территория, границы которой определяются наличием на ней какого-либо признака, характерной черты и т. п.': Русская земля, родная земля, чужая земля и т. д.

Слово Русская в обсуждаемом сочетании нужно писать с прописной, т. к. сочетание выступает в значении 'Россия, Русь', т. е. используется в функции имени собственного.

Это наименование во всех случаях следует писать с прописной: Кукрыниксы, о Кукрыниксах.

Подобный случай действительно нелегко найти в справочниках. И всё же он там упоминается — в примечании 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя:
Если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, то они начинаются с прописной буквы:
— Скорей, загорелась школа! — И он побежал по домам будить людей.

В примере из справочника прямая речь заканчивается восклицательным знаком, но полагаем, что аналогичным образом можно поступать и с точкой:
— А-а, ничего особенного. — Он изящно взмахнул рукой. — Я и не жаждал туда вступать…

Корректно со строчной буквы: петербургские салоны.

Написание Вы факультативно и используется в личной и деловой переписке при обращении к одному лицу при желании автора подчеркнуть уважительное отношение к адресату. Процитируем упомянутую статью: «Употребление местоимения вы вместо ты при обращении к одному лицу само по себе уже представляет проявление уважительного отношения к этому лицу. Окончательное решение о написании Вы с прописной (для подчеркивания этого уважительного отношения) принимает автор текста».