Верно: Вам точно известно, каким образом был украден кофе?
В устной разговорной речи допустим вариант, когда кофе используется как существительное среднего рода: ...каким образом было украдено кофе?
Оба варианта верны.
Как и раньше: горячий кофе – предпочтительный вариант, отвечающий строгой литературной норме, горячее кофе – вариант, допустимый в непринужденной разговорной речи.
При существительных мужского и среднего рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, принимает форму родительного падежа множественного числа: два горячих кофе.
Правильно: коды.
Раньше, действительно, говорили по-другому. И не только эти слова. Дело в том, что все живые естественные языки со временем меняются.
Не ищите во всем логику. Сложившаяся литературная норма: молоть, но мелю, мелет, мелют.
Если речь идет именно о дереве, то уместно использование слова кофе как существительного среднего рода: кофе дало щедрый урожай. Хотя, конечно, такое использование слова не является широкоупотребительным; более того, это значение не отмечается толковыми словарями русского языка.
