Запятая здесь не нужна. Для того чтобы избежать разночтений, следует перестроить предложение.

Действительно, вариант щербет почти не фиксируется словарями, а произношение с начальным звуком [щ] отмечается как неправильное. Однако этот вариант не только распространен в разговорной речи, но и встречается в художественной и научной литературе. 

― Такого щербета мудрости уши мои никогда не пили! [Ф. Искандер]

…Молоховец, как летописец кулинарных дел, составляла яркую опись того, что предстоит потерять. Сотни желтков, (белки ― вылить! ) для одного кулича; розовый окорок, который можно достать из подпола, если гости пришли внезапно; алые муссы и белые щербеты, седые головы сахара… [А. Архангельский]

― А сорбет ― это щербет? ― спросила Сонина мама. [М. Трауб]

Морщась, я ем, потягиваю, пью тусклый лимонный щербет. [К. Азерный]

В Каффе для торжества закупали продукты к столу: вино, вишни или изюм, щербет, а также материалы для иллюминации и фейерверка. [из журн. «Общество: философия, история, культура», 2014] 

Аппарат использовался для охлаждения смеси лимонного щербета после пастеризации. [Научный журнал НИУ ИТМО. Серия «Процессы и аппараты пищевых производств», 2015]

Возможно, уже стоит подумать о введении варианта щербет в словарь. Спасибо за интересный вопрос!

Ваша пунктуация верна. Снять неоднозначность поможет замена причастного оборота на придаточное предложение: Сотрудник Управления, который отвечает за сохранность продукции, выписываемой для продажи, а также его непосредственный руководитель несут ответственность...

Запятая перед словами под названием не нужна.

Запятая после можно подумать нужна. Тире поставлено правильно.

Такие конструкции возможны в разговорной речи (как стилистически окрашенные).

Знаки препинания расставлены верно.

Иногда просто необходимо немного помолчать, подумать и, посмотрев по сторонам, перейти дорогу.

Вставка кто бы мог подумать выделяется с двух сторон либо тире, либо скобками.

Начнем со второго вопроса. Очевидно, что конструкция ненормативная, стилистически сниженная, т. е. встречающаяся в разговорной речи. В письменной речи она нежелательна из-за трудности ее восприятия. Читающий может подумать, что писавший просто не туда поставил запятую. Но если у пишущего есть задача передать стилистику разговорной речи (например, в речи персонажа), то представляется, что лучше в данном случае поставить вместо запятой тире.