В приведенном примере запятая до или после закрывающей скобки не ставится.
На наш взгляд, нет совершенно никаких оснований снижать за это оценку. В русской языковой картине мира помидор и баклажан, безусловно, овощи. В сочинении на ЕГЭ по русскому языку вряд ли проверяется знание строгой ботанической терминологии.
В принципе оба выражения имеют право на существование.