Оба варианта верны.

Корректно слитное написание в первых трех примерах, поскольку подчеркивается отрицание. Раздельное написание возможно при отрицании положительного признака (случайности), ср.: Эти параметры не случайны. Независимы – возможно только слитное написание в этом значении.

Дефисные написания ветро-волновой и свето-темновой вполне корректны.  

В «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина сказано, что обороты с предлогом наряду с обязательно обособляются при расположении между управляющим словом и управляемым. Другие нормативные руководства не столь категоричны. Так, в «Справочнике по пунктуации» В. М. Пахомова, В. В. Свинцова, И. В. Филатовой определяется, что возможно невыделение оборота, находящегося не в начале и не в конце предложения, хотя обычно такие обороты обособляются. Поэтому можно вслед за авторами этого справочника сказать, что окончательное решение принимает пишущий.

Верно: организациями, предоставляющими услуги на базе МФЦ. Обратите внимание, что после встречи пропущен предлог с. Правильно: встречи с органами государственной власти. Также рекомендуем перестроить начало предложения.

Таким образом, корректный вариант: Дополнительно сообщаю, что для сотрудников МФЦ Пензенской области ежемесячно проводятся обучающие семинары, встречи с органами государственной власти Пензенской области, а также организациями, предоставляющими услуги на базе МФЦ.

Тире между подлежащим и именным сказуемым не ставится, если подлежащее выражено личным или указательным местоимением (в том числе это). Тире возможно при подчеркивании указания на данный предмет (в данном случае подчеркивания нет).

Обратите внимание, что запятая перед и лишняя, а после слова эксперимент не хватает запятой. Корректная пунктуация: По расчетам, так как у меня нет данных по продажам колес и это эксперимент, предлагаю закладывать зарплату в размере средней по региону.

Корректный вариант: обучающийся по образовательной программе.