Здесь верен второй вариант. Главная часть образует с придаточной так называемое местоименно-союзное предложение: средством связи в нем служит не только союз что, но и местоименное наречие так. Сложноподчиненные предложения этого типа имеют значение степени, следствия. В нашем случае следствие из того, что Романов был встревожен и занят своими мыслями, состоит в том, что он не мог понять, который час (а не в том, что он видел стрелки на циферблате). Следовательно, союз что относится не столько к сочетанию видел стрелки на циферблате, сколько к сочетанию не мог понять. Получается, что сказуемые видел и не мог понять являются однородными, образуя одну придаточную часть (представляющую собой неполное предложение, подлежащее в котором восстанавливается из предыдущей части).
Корректно: два академических чáса, три последних чáса.
Корректно без запятых. Одиночное деепричастие не выделяется запятыми, если употребляется в значении обстоятельства образа действия (смотрела как?).
Нет достаточных оснований для постановки запятой.
Куранты – башенные или стенные часы, бой которых сопровождается музыкой (см.: Большой академический словарь русского языка. Т. 8. М., СПб., 2007). Часы, не имеющие музыкального механизма, нельзя назвать курантами.
Верно раздельное написание: не смолкающий ни на минуту.
Корректен второй вариант.
Все три варианта возможны.
Обособление не требуется.
Никогда не говори «никогда» :)
