Нужна одна запятая: До этого чистили только Южное озеро, и то два года назад.
Строй предложения, о котором Вы пишете, невозможен. Если мы уберем придаточное, то останутся две не связанные друг с другом части (Озеро окружено густым лесом, и немало крупных птиц). Вариант с запятой ошибочный.
Да, это географическое название склоняется.
И всё же это название подчиняется общему правилу: нарицательные существительные в составных географических названиях пишутся с прописной буквы, если они употреблены не в своем обычном значении. Правильно: поселок Чусовское Озеро.
У составных количественных числительных склоняется каждое входящее в них слово: достигает тысячи шестисот двадцати метров (см. в Письмовнике).
Именительный падеж, слово "зеркало" входит в состав обстоятельства сравнения.
Это предложение с однородными придаточными, запятая между ними (перед союзом и) не ставится.