Верно: Вам точно известно, каким образом был украден кофе?
В устной разговорной речи допустим вариант, когда кофе используется как существительное среднего рода: ...каким образом было украдено кофе?
Название Автово давно освоено русским языком, оно подчиняется общим правилам и склоняется в образцовом литературном стиле: в Автове, из Автова. Несклоняемый вариант (в Автово, из Автово) допустим в непринужденной устной речи.