Обычно в подобных случаях написание зависит от размера подразделения и уровня в иерархии. Названия наиболее крупных подразделений в организациях с большим количеством подразделений, секторов, отделов, подотделов и проч. пишут с прописной буквы.
Возможны обе формы сказуемого.
Если у слов как государственный заказчик есть дополнительное значение причины, то эти слова выделяются запятыми. Если такого значения нет, то не выделяются.
Правильное написание таких сочетаний - строчными буквами.
Первый вариант предпочтителен.
Слова фонд, комитет пишутся с прописной буквы как первое слово в составе собственного наименования: Фонд госимущества Украины; Комитет Госдумы по образованию.
Корректно: специалист по экономической безопасности.
Оба названия пишутся с большой буквы: Центральный экономический район, Центральный регион.