Деепричастный оборот не обособляется, если образует смысловой центр высказывания, как в примерах из примечания 1 параграфа 20.4 справочника Д. Э. Розенталя по пунктуации: «Жили Артамоновы ни с кем не знакомясь (М.Г.) — важно не то, что жили, а что жили без всяких знакомств; Это упражнение делают стоя на вытянутых носках — смысл сообщения в том, каким образом делают упражнение; Старик шёл прихрамывая на правую ногу; Студенты приобретают знания не только слушая лекции, но и выполняя практические работы; (...) Не унижая себя говорю, а говорю с болью в сердце (М.Г.)». Хотя это никак не комментируется в тексте справочника, нетрудно заметить, что деепричастный оборот в такой функции располагается в конце предложения, и это неудивительно: в русском повествовательном предложении логически ударной является конечная позиция. Деепричастный оборот, находящийся в начале предложения, может быть его смысловым центром только тогда, когда в предложении имеется явное противопоставление, как в последнем из приведенных примеров. Можно было бы допустить необособление деепричастного оборота в предложении типа Мягко картавя, а не звонко заливаясь журчал ручеёк. Поскольку в исходном примере не наблюдается подобного, деепричастный оборот здесь должен быть обособлен.

В линейной схеме сложноподчиненного предложения подчинительный союз записывается внутри круглых скобок, так как он находится в  придаточной части (в отличие от сочинительного, находящегося между частями сложносочиненного предложения). См., например, схемы в пособии Е. И. Литневской «Русский язык. Краткий теоретический курс для школьников». 

Первая часть сложных слов механо... пишется слитно: механолитейный.

Возможен только слитный вариант: взакрытую. Наречия, образованные от имен прилагательных и включающие в свой состав их полные формы, пишутся слитно: вживую, внаглую, вручную и т. д. (раздельное написание в открытую определяется правилом о наречных сочетаниях с предлогом-приставкой в и второй частью, начинающейся с гласной).

От существительного лицей образуется прилагательное лицейский. Правильно: учиться по лицейской программе.

Запятая нужна перед самое главное и не нужна перед и: Мы находим способы вытянуть человека из процесса саморазрушения и, самое главное, показываем ему...

Корректно раздельное написание: Хотя корабль Евгения был крупным, водоизмещением до полноценного линейного судна не дотягивал.