Верен первый вариант.

Выбор окончания зависит от смысла. Что было создано в сотрудничестве с Мичиганским государственным университетом? Сама онлайн-платформа или система обучения на этой платформе?

Обратите внимание, что онлайн-платформа пишется через дефис.

Дело в том, что СИ — это не сокращение полного названия, а транскрипция аббревиатуры SI (Le Système international d’unité — Международная система единиц). Так что сочетание система СИ можно признать допустимым. 

Оба слова в словарях не фиксируются. Корректно: товароучетная система (от сочетания учитывать товары).  

Правильно: обучение (чему?) написанию изложения.

Примите во внимание смысловые особенности высказывания: если имеются в виду отдельные системы, то следует предпочесть форму множественного числа существительного. Если допустимо все упомянутое представить как единое целое, то и выбор формы единственного числа очевиден.