Выбор варианта зависит от того, победила Германия или проиграла. Если проиграла, то верно: победа над Германией. Если победила, то верно: победа Германии.

Слово немец образовано от древней праславянской основы *nemъ, к которой восходит и прилагательное немой. В древнерусском языке немъ, немый означало не только 'лишенный способности говорить', но и 'говорящий непонятно, неясно'. Немцами поэтому на Руси сначала называли всех иностранцев (т. е. всех, кто говорил на непонятном языке), затем – только европейцев. В словаре Даля указано: немец –  не говорящий по-русски, всякий иностранец с запада, европеец (азиаты – бусурмане); в частности же, германец.

Со временем значение слова немец еще более сузилось и стало обозначать только жителя Германии, представителя немецкого народа. Таково и современное значение этого слова. Слово  германцы тоже входит в состав современного русского литературного языка, однако употребляется в значении 'древние племена, населявшие центральную, западную и юго-западную Европу; люди, принадлежащие к этим племенам'. Значение слова германцы 'немцы' устарело.

Есть такие правила, и это правила русской грамматики. Конференция прошла где? — в Германии. Если слово Германия употреблено в форме именительного падежа после сочетания в Гамбурге, то это служит сигналом «неприсоединения» существительного к синтаксической структуре предложения. В таком случае обычно используют скобки, чтобы показать особую синтаксическую позицию слова в предложении.

Возможно и слитное, и раздельное написание.

В данном случае постановка запятой уместна.