Существительное закрыв не зафиксировано словарями современного русского литературного языка. Кроме того, сочетание крышка для закрыва содержит лексическую ошибку — тавтологию
Грамматически верно: просим вашего разрешения на закрытие магазина. Но если есть возможность уйти от безжизненного канцелярского языка, лучше это сделать: просим вас разрешить закрыть магазин.
Постановка дополнительных знаков препинания не требуется.
В любом случае вторая из двух указанных Вами запятых нужна: необходимо разделить части сложноподчиненного предложения. Что касается первой запятой, то здесь возможны варианты: в связи с тем что — сложный подчинительный союз, а в начале предложения такие союзы обычно не расчленяются; впрочем, если необходимо логически выделить первую часть союза, то его расчленение допустимо.
Верно, запятая нужна: она закрывает придаточную часть какой же он все-таки плохой.