Возможны оба варианта. Предпочтительно: все цехА.
Корректно: пустить в производство.
Корректно: ОАО «Новосибирский завод»; если речь идет о новосибирском филиале какого-либо ОАО – новосибирский завод ОАО «...».
Предпочтителен предлог НА.
Название, заключаемое в кавычки и не сочетающееся синтаксически с родовым словом, не склоняется. Правильно: генеральному директору ОАО «Верхнебаканский завод». Вот если бы родового слова не было, название склонялось бы: генеральному директору Верхнебаканского завода.
Предпочтительнее использовать такое название вместе с родовым наименованием: от завода «Алмаз-Антей», к заводу «Алмаз-Антей».
В усеченном названии первое слово пишется с заглавной буквы. Но написание краматорский завод со строчной буквы как обычного описательного оборота тоже возможно.
Второй вариант лучше, поскольку он устраняет названную Вами неоднозначность фразы.