Кавычки не нужны.
Такая сочетаемость не противоречит норме.
Запятая нужна, так как это сложносочиненное предложение.
Приведенные предложения относятся к одному и тому же типу: это сложносочиненные предложения с союзом и. Соответственно, запятая нужна в том и в другом — по формальному принципу. Впрочем, предложение, в обоих частях которого описываются погодные явления, выглядит неестественно без общего для этих частей обстоятельства, отменяющего постановку запятой, сравним: К вечеру пошёл (сильный) дождь и поднялся (холодный) ветер.
Предпочтительно согласование во мн. ч.
Корректно: То солнце покажется, то закроется облаками, и думаешь: «Вот дождь пойдет», и все нет дождя.
Это значение у слова вода уже не является необычным, непривычным, оно фиксируется словарями русского языка. Но фиксируется, как правило, с пометой разг. (разговорное). Поэтому в нейтральном контексте кавычки могут быть уместны (они покажут, что слово принадлежит другому стилю речи). Окончательное решение принимает автор текста.
Запятая ставится.
