Возможны оба варианта.
Первый вариант предпочтителен, однако следует исходить из контекста.
Крайние пальцы стопы (I и V) называются так же, как аналогичные пальцы рук — большой и мизинец, а остальные три называют номерами II, III, IV, начиная счёт с большого пальца.
Здесь корректно с прописной (Бог), т. к. имеется в виду единое верховное существо в монотеистических религиях.
Запятая не ставится.
Корректны оба варианта – с предлогом и без предлога.