Предлог - в течение. Существительное в предложном падеже - в течении.
Слова Казань, Москва, Новгород, Кострома относятся к разным склонениям. О склонении существительных читайте в пособии Е. И. Литневской.
См. вопрос 285298.
В значении предлога: в течение (чего) (во время чего-н., в продолжение).