Да, такие слова, грамматически не связанные с членами предложения, нужно выделять запятыми.

Конструкция в связи с проведением планового ремонта моста на станции не является вводной, это обстоятельство причины. Обособление его не обязательно, но возможно при необходимости подчеркнуть его смысл.

У слова второй отмечено значение «такой, статус которого на одну ступень ниже по сравнению с основным, первым», среди иллюстративных примеров приводится предложение В институте Иван Иванович – второе после директора лицо (см. значение 1.2 у слова второй³ в «Большом универсальном словаре русского языка»). Судя по этим данным, выражение второй после N будет понято как синонимичное сочетанию первый после N. Обособление сочетания после N в этом случае не влияет на смысл высказывания.

Обстоятельственные обороты с производными предлогами типа в целях обособляются в некоторых случаях, например тогда, когда требуется обозначить границы оборота, чтобы предложение не выглядело двусмысленным. Так, в приведенном примере, если оборот с предлогом в целях относится к сказуемому используется, нужно поставить запятые, чтобы исключить связь оборота с отглагольным существительным обращение.

Сочетание на сегодняшний день является обстоятельством времени и не требует обособления. 

Обстоятельство в списке «Основная информация» действительно уместно выделить запятыми как уточнение, чтобы прояснить смысловые связи в предложении. При отсутствии обособления получается, что главный экран приложения или само приложение находится в списке.

В этом предложении деепричастие сохраняет значение глагольности, обозначая дополнительное действие (= «нахмурился и подошел к окну»), и должно быть обособлено: ...мужчина, нахмурившись, подошёл к окну... Сравним это же деепричастие в другом контексте: Мужчина смотрел нахмурившись (деепричастие имеет значение образа действия и сближается по смыслу с наречием). Отметим, что нагромождение деепричастий и деепричастных оборотов в приведенном Вами предложении выглядит стилистически неудачным.

Корректно с запятыми: В сундуке, кроме толстого слоя пыли и старых тряпок, ничего не оказалось. Сейчас рекомендуется выделять запятыми обороты с предлогом кроме независимо от значения предлога.

Для обоснованного ответа на вопрос нужно знать предыдущий контекст предложения.

Сочетание в этой связи не требует выделения запятыми. Заметим, что в приведенном контексте, в котором речь идет о причинно-следственной связи, более уместно употребить вместо него сочетание в связи с этим (см. «Словарь-справочник трудностей русского языка»), но и оно не обособляется. Рекомендуется для лучшего восприятия разделить предложение на два: По состоянию на 04.04.2025 денежные средства от Специализированного отдела судебных приставов по г. Москве ГМУ ФССП России в счет оплаты задолженности по решению Арбитражного суда города Москвы по делу № 123456 не поступали. В связи с этим денежные средства, перечисленные в бюджет города Москвы по платежному поручению, указанному в обращении, учтены на финансово-лицевом счете Договора в соответствии с назначением платежа.