Верен второй вариант, запятая ставится.
В данном предложении притяжательное местоимение излишне: "Назначить специалиста по логистике Анну Иванову исполняющим обязанности руководителя отдела без освобождения от основной работы".
Требуется либо запятая, либо тире.
Если точный день образования отдела известен, то можно написать и "со дня образования". В ином случае: поздравляем с 75-летием отдела.
Запятая не ставится.