См. в «Словаре трудностей».
Правильно: в Москве и (в официально-деловой речи) в городе Москве.
Правильно: в Краснодаре, в Воронеже.
Правильно: в Саратове, в городе Саратове.
Правильно: в городе Элисте.
Раздельное написание требуется при противопоставлении (не прав, а виноват) и при интонационном ударении на частице НЕ (ты НЕ прав). В остальных случаях обыкновенно слитное написание.
Известность или неизвестность названия – важный фактор, влияющий на его склоняемость/несклоняемость в сочетании с родовым словом. Топоним Комрат не является хорошо известным, поэтому его лучше оставить несклоняемым: в городе Комрат. Впрочем, если текст ориентирован на читателей, которым хорошо знакомо это название (например, на молдавских читателей), то его можно и склонять.
