Правильно: ...менеджера Петрова Николая Николаевича.
Этимологически имена Никита и Николай, действительно, родственные: Никита – от греческого никетас 'победитель', Николай – от греческого Николаос от никао 'побеждать' и лаос 'народ' – другими словами, оба имени восходят в конечном итоге к одному и тому же греческому корню нике 'победа', никао 'побеждать'. Однако в современном русском языке Никита и Николай – два совершенно разных имени, а Никитич и Николаевич – соответственно разные отчества, называть Никитича Николаевичем (и наоборот) нельзя. Что касается замены отчества – она возможна только в порядке, установленном законодательством Российской Федерации (любое лицо, достигшее 14-летнего возраста, вправе переменить фамилию, имя и / или отчество, обратившись в органы записи актов гражданского состояния).
Запятые поставлены правильно. Не забудьте о пробелах (в размере 10 000 рублей).
Грамматически правилен второй вариант. Если речь идет о договоре между учреждением и И. И. Ивановым, то вторая запятая не нужна, или, если предложение продолжается, она должна стоять после И. И.: Договор, заключенный учреждением с ИП Ивановым И. И., был передан...
Бенефициар, по данным СМИ, Иванов В.В.
Название должности (директор) и ученая степень (доктор) запятой не разделяются (это неоднородные приложения).
Запятая не нужна.
Нужно поставить пробел между инициалами, а также пробел между инициалами и фамилией.
Запятую принято ставить.
Тире не ставится, так как подлежащее выражено личным местоимением (он), а кроме того, между подлежащим и сказуемым (Андрей) есть частица (просто). В этом сложносочиненном предложении нужна запятая между частями: Иванов тут один, и он просто Андрей.