К сожалению, на сегодняшний день такие критерии не сформулированы. Автор текста может аргументировать постановку или отсутствие запятой, руководствуясь одним из названных Вами пунктов правил.

Действительно, такое использование слова представляет собой стилистическую небрежность. Слово "порядка" предполагает округление числа.

Словарная помета "с." означает не существительное, а средний род - в том случае, когда слово выступает в роли существительного.

Все названные Вами слова могут употребляться и как прилагательные (несогласованные определения), и как существительные.

В "Словаре имен собственных" (он размещен на нашем портале) указано, что это название склоняется: Шира, -ы (пгт, Краснодарск. кр., РФ). 

Сочетание в том числе употреблено здесь в функции присоединительного союза, после которого запятая не ставится. Заметим, что гораздо более удачным было бы оформить присоединительную конструкцию не отдельно, а через запятую с основной частью: ...Соблюдать требования нормативных актов в области связи и информации (ФЗ от 07.07.2003 126-ФЗ «О связи»), в том числе не допускать нарушения порядка проектирования, строительства и эксплуатации сетей и сооружений связи.

Существует только существительное прообраз. В нем выделяется приставка про-, которая при добавлении к существительным образует существительные со значением начальной стадии появления или неполноты признака, например: проседь, проблеск.  

Рекомендуется слитное написание. Прилагательное нефизический в данном случае обозначает непринадлежность задач к разряду физических (см. пункт 2 параграфа 148 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Легкораненый — это не раненый с зависимым словом, это сложное слово. В сложных словах формы причастий и прилагательных пишутся так же, как в отдельном (не в составе сложного слова) употреблении. Ср.: кованый и златокованый, крашеный и гладкокрашеный, раненый и легкораненый. Например: палата для легкораненых.

При этом возможно сочетание наречия с причастием легко раненный, ср.: легко раненный в ногу, легко раненный под Минском.

Написание с прописной нарицательных существительных, используемых не в своем обычном значении, потерявших свое прямое значение, регламентировано для имен людей (Ричард Львиное Сердце) и составных географических названий (Кузнецкий Мост, Ясная Поляна). Написание Волшебная Печенька соответствовало бы правилу, если бы это сочетание было прозвищем или географическим названием, например: деревня Волшебная Печенька. 

Название сети магазинов орфографически правильно было бы писать «Волшебная печенька» (независимо от ассортимента их товаров), но при этом приходилось бы учитывать, в каком виде зарегистрировано название торговой марки, и сохранять это написание в официальных документах.