Правильно: двухтысячного года; двухтысячному году; двухтысячный год; двухтысячным годом; в двухтысячном году (родиться), о двухтысячном годе (вспоминать).
Верно со строчной (маленькой) буквы.
Сочетание ученый совет пишется строчными. А что такое большой ученый совет?
Это новое слово, и норма его написания еще не устоялась: пишут и через з, и через с. Сказать, что предпочтительнее, пока затруднительно. Написание с прописной буквы оправданно, т. к. это название исторического события. Кавычки на данном этапе жизни слова не нужны.
Выбор предлога зависит от того, как именно упала стрела. Если она погрузилась в трясину (представим, что из болота торчит только кончик стрелы), тогда: упала в болото. Если же стрела аккуратно легла на какую-то кочку на поверхности болота и там осталась, тогда: на болото.