Предлагаем вариант материально-вещественная энергетическая структура.
Вводные слова (в том числе в частности) обособляются и в начале предложения.
Традиция в употреблении имен собственных — вещь, которую очень нелегко переломить. Однако нужны специальные исследования для того, чтобы подтвердить непререкаемость такой традиции. Так, словарь Е. А. Левашова "Географические имена. Трудные случаи употребления" (2003) однозначно фиксирует: в Туголесском Бору.
Обособление не требуется.
Употребляются варианты Гагра и Гагры (второй вариант отражен в названии известного фильма «Зимний вечер в Гаграх»). Но словарями русского языка зафиксировано: Гагра, такое же название употребляется в картографических изданиях Росреестра. Это склоняемое существительное: поехать в Гагру, отдыхать в Гагре, сказочная Гагра.
Ваш вариант расстановки знаков препинания корректен. Прилагательное "двухколейном" выступает как уточняющее определение.
См. ответ на вопрос № 256612.
Пунктуация верна, хотя смысл предложения не вполне ясен.
Да, запятая нужна.