Обращение (здесь - слово Мария) нужно обособить. При усилении эмоциональности после обращения ставится восклицательный знак. В официальных письмах принято такое оформление: обращение выносится в отдельную строку, после обращения ставится восклицательный знак. В неофициальном письме вполне возможно обойтись запятыми: Здравствуйте, Мария, обращаюсь к Вам с просьбой...

В первом предложении запятая не ставится: оборот с союзом как имеет значение приравнивания и отождествления.

Во втором предложении запятая не ставится: как употребляется в значении "в качестве".

В третьем случае запятые перед как и после командира нужны: приложение с союзом как имеет дополнительное значение причины.

Если вторая часть представляет собой прямой вопрос и в конце стоит вопросительный знак, между частями сложного предложения ставится двоеточие: Прошу уточнить: какой нормативный акт необходимо применить в данной ситуации?

Если вопросительного знака нет, ставится запятая: Прошу уточнить, какой нормативный акт необходимо применить в данной ситуации.

Эта конструкция эквивалентна сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, сравним: Прислуживал там, где мог. В общем случае запятая в таких конструкциях ставится, но «при отсутствии интонационного отделения» зависимой части — не ставится (п. 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). 

Эта конструкция эквивалентна сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, сравним: Я полюбил ту, кого надо. В общем случае запятая в таких конструкциях ставится, но «при отсутствии интонационного отделения» зависимой части — не ставится (п. 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). 

Знаки препинания расставлены правильно. В предложении используется вставная конструкция, которая выделена с помощью парного тире; перед вторым из этих тире ставится запятая, закрывающая деепричастный оборот; слова таким как употребляется после обобщающего сочетания основы финансов перед рядом однородных членов, запятая между этими словами не ставится.

Здесь слово пожалуйста замещает собой грамматическую основу другой части сложносочиненного предложения с противительными отношениями (прийти могу), то есть мы имеем дело с неполным предложением, составляющим часть сложного предложения. В таких случаях ставится тире, если в месте пропуска делается пауза, и не ставится при отсутствии паузы.

1. Если части сложносочиненного предложения представляют собой побудительные предложения, запятая перед союзом и не ставится. Таким образом, запятая перед союзом не требуется в обоих примерах.

2. Если речь идет о третьем лице, Наталья является не обращением, а подлежащим (молодец – сказуемым). Запятая между подлежащим и сказуемым не ставится.

Сказуемое в книжно-письменных стилях (особенно в строгой официально-деловой речи) ставится в форме мужского рода, если оно предшествует сочетанию «название должности + собственное имя»: обратился арбитражный управляющий Иванова Ольга Николаевна. Ср.: арбитражный управляющий Иванова Ольга Николаевна обратилась... (сказуемое ставится в форме женского рода, если оно стоит после собственного имени).

Эта конструкция эквивалентна сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом, сравним: Вполне реально выполнить то, что доктор прописал. В общем случае запятая в таких конструкциях ставится, но «при отсутствии интонационного отделения» зависимой части — не ставится (п. 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).