Корректны оба варианта: Каждая состоит из более чем 3,5 тысяч наименований (если читать из более чем трех с половиной тысяч) и Каждая состоит из более чем 3,5 тысячи наименований (если читать из более чем трех целых и пяти десятых тысячи наименований).

Правильно: с две тысячи шестого года.

В предложениях, подлежащим которых является словосочетание с главным словом более и зависимым от него числительным, форма множественного числа сказуемого употребляется при значении активности у подлежащего и в случае если подлежащее находится перед сказуемым (хотя эти рекомендации не носят категорического характера). Только единственное число употребляется в тех случаях, когда сказуемое указывает лишь на факт наличия, существования: Существует более пяти тысяч видов кактусов. Таким образом, предпочтительно: В одной только Америке каждый год идёт на убой более 8 миллиардов животных (нет значения активного деятеля, подлежащее стоит после сказуемого).
При слове тысяча сказуемое обычно согласуется по правилам согласования с подлежащим-существительным (в роде и числе). Возможны также конструкции по образцу согласования с подлежащими -- счётными оборотами. В приведённом Вами примере лучше: На обед ушла 1000 рублей.

1. Написание изыскано (от глагола изыскать) верно, например: Для поддержки детей было изыскано около 100 тысяч рублей. В случае если изысканно -- синоним элегантно, правильно: изысканно. 2. Корректно: частнопрактикующий юрист.

Слова в среднем запятыми не выделяются.

Корректно: 1. Началось все со 121 шедевра, охватывавших период... 2. В ее фондах более 100 тысяч произведений вплоть до самых современных. 3. Среди них много таких произведений, как...

Тире поставлено правильно.