Аббревиатура МИД традиционно употребляется как существительное мужского рода. Аббревиатура ООН - существительное женского рода.

Такого правила нет. Официально действующим в настоящее время сводом правил русского правописания по-прежнему являются «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года. В 1956 году правила о написании каких бы то ни было названий, оформленных латиницей, появиться, как Вы понимаете, не могло. Написание оформленных латиницей названий без кавычек  – практика современного русского письма (т. е. так принято, так сложилось), обоснование простое: кавычки выполняют выделительную функцию, а написание латиницей само по себе является выделительным, поэтому пишущие стараются избегать двойного выделения.

1. Кого предпочел, тот больше и нравится. Предпочел Толстого = больше нравится Толстой.

2. Исчезновение гласных в некоторых морфемах при словоизменении и словообразовании связано с историей русского языка. В древнерусском языке были особенные краткие гласные – «ер» и «ерь», которые на письме обозначались буквами Ъ и Ь. Они встречались как в ударных позициях, так и в безударных. К ХIII веку эти гласные ушли из употребления: в одних позициях они перешли в звуки [о] и [э], а в других просто перестали произноситься. Например, слово сон звучало как сънъ. Первый гласный ъ был ударным– он перешел в о, второй – безударный – исчез. Получилось сон. А в других формах корневой гласный оказался безударным (съна, съну, съном), поэтому его не стало, и получилось сна, сну, сном и т. д. В тех же словах, где о было исконное, а не развившееся из ъ, оно не исчезало, как не исчезает и в заимствованных словах. Ср.: рот – рта (о из ъ), но дом – домами (исконное о), брелок - брелоки (заимствованное слово).

Более точная рекомендация содержится в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина:

 «В официальных текстах названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы, напр.: Президент Российской Федерации, Председатель Правительства РФ, Премьер-министр Индии, Её Величество Королева Англии. Однако в неофициальных текстах эти названия пишутся со строчной буквы, напр.: выборы президента, выступление председателя Госдумы, распоряжение премьер-министра, приём у королевы».

Таким образом, если в газете публикуется полный текст официального документа, названия высших государственных должностей в таком тексте должны быть написаны с прописной. А если это, например, обычная новостная заметка (т. е. неофициальный текст), название должности президент должно быть написано строчными, например: Вчера президент РФ Владимир Путин посетил...

Кавычки не требуются.

Правильно: на кон поставлено, но: на кону стоит.

Запятая не нужна.

В этом случае запятые не нужны.