Верно: Но, Принц, такие вещи нельзя игнорировать.

Обращение обособляется независимо от позиции в тексте, поэтому оно отделяется и от начального противительного союза. Осложняющий компонент предложения (обращение) можно опустить или переместить, не нарушив синтаксической структуры предложения, ср.: Но, Принц, такие вещи нельзя игнорировать или Но такие вещи, Принц, нельзя игнорировать.

Корректно: Деятельность компании регулируется региональной энергетической комиссией – департаментом цен и тарифов Краснодарского края. При этом не в официальных документах слова департамент цен и тарифов, по-видимому, можно опустить, т. к. в положении о комиссии фигурирует только первая часть названия. О том, как называть комиссию в документах, будет правильно уточнить в самой комиссии, обратившись туда напрямую. 

Да, рекомендации в словарях и энциклопедиях разнятся. Представляется разумным такой подход. Кавычки ставятся с целью предупредить неверное понимание слова, поэтому, если из контекста понятно, что речь идет о заболевании, кавычки можно смело опустить: эпидемия испанки. Если же контекст допускает разные толкования (например: в этой статье автор рассказывает об испанке), кавычки лучше поставить, они снимут неоднозначность.

Варианты сочетаний корректны. Выбор каждого из них определяется смысловыми акцентами текста и авторским замыслом. Компонент у детей претендует на то, чтобы очертить общие границы обсуждаемой ситуации или положения дел. Компонент детей уместен тогда, когда в центре обсуждения не сами дети, а детские умения и навыки. Как представляется, в некоторых случаях варианты взаимозаменяемы без ущерба для содержания текста.

Рекомендация нашего «Справочника по пунктуации» состоит в том, что присоединяемые предлогом «начиная с», обычно обособляются. Обособление не требуется, если предлог «начиная с» в буквальном смысле указывает на время, дату начала чего-либо (при этом слово «начиная» обычно можно опустить). Следовательно, в данном случае правильный вариант: Все члены ряда, начиная с пятого, больше нуля.

Запятая ставится. Слова привычка и обыкновение (*об-выкновение) - родственные.

Мы ошибки в приведенных примерах не видим. Еще в «Грамматике русского языка» (АН СССР, т. II, ч. I. М., 1954) приводился целый ряд подобных примеров: … кудри — чесаный лен… (Некрасов); ...самоубийства — явление нежелательное (Чехов) и др. (параграф 712, с. 517-518). Между тем эта академическая грамматика была абсолютно нормативной. И грамматические нормы на этом участке системы с тех пор нисколько строже не стали.

Полагаем, что корректен первый вариант оформления. К сожалению, в правилах данная ситуация достаточно ясно не описана. Предлагается писать со строчной буквы после двоеточия или тире члены предложения, например: Она спросила, кто он, не француз ли, и стала по его просьбе гадать: бельгиец? датчанин? голландец? Считаем, что данное правило нужно распространить и на вопросы, располагающиеся после вводящего их слова.

Обратите внимание: первое слово как лучше опустить: ...на такие вопросы: как научиться петь? сколько зарабатывают музыканты?  

Для того чтобы точно ответить на вопрос о пунктуации в Ваших примерах, требуется более широкий контекст. Общее правило следующее. При встрече вводного слова и союза запятая после союза ставится, если вводное слово (кроме того) можно опустить или переставить в другое место предложения без нарушения его структуры. Если же изъятие вводного слова невозможно (то есть союз включается во вводную конструкцию, образуя с ней единое сочетание), то запятая после союза не ставится (обычно это бывает при союзе а).