Лучше всего - в Дербенте, а в канцелярской речи - в городе Дербенте. В обиходной речи обычно не требуется уточнять, что Дербент - это город.
Корректно: ...учреждению Великого Новгорода. В канцелярской речи: ...города Великого Новгорода.
Верно: Бресте. См. в «Письмовнике».
Правильно: в городе Москве. В официальных документах можно встретить несклоняемый вариант. См. подробно в «Письмовнике».
В образцовой литературной речи названия городов склоняются в сочетании со словом город: лицей города Лобни. Но в официальных документах название должно указываться в соответствии с тем, как оно зарегистрировано.
Единства в словарных рекомендациях нет. Согласно словарю Е. А. Левашова «Географические названия» (СПб., 2000) Нягань – слово женского рода. Надо признать, что вариант (из) Нягани встречается гораздо чаще, нежели вариант (из) Няганя.
