Подобные фамилии могут склоняться как с выпадением гласного (Ивану Ивановичу Рабинку), так и без него (Ивану Ивановичу Рабиноку). См. материал «Как склонять фамилии (трудные случаи)» в разделе «Письмовник» на нашем портале.

Указанная в скобках запятая не нужна.

Можно считать эти слова частью составного сказуемого.

Вы правы. «Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указывает: в русских двойных фамилиях первая часть склоняется, если она сама по себе употребляется как фамилия: песни Соловьева-Седого. Ср. также: картины Петрова-Водкина, проза Соколова-Микитова, фильмы Михалкова-Кончаловского, судьба Муравьева-Апостола. Если же первая часть не образует фамилии, то она не склоняется: исследования Грум-Гржимайло. Поскольку в рассматриваемой фамилии первая часть (Божья) не употребляется как самостоятельная фамилия, корректно склонять только вторую часть фамилии: Романа Божья-Воли, Роману Божья-Воле.

В этом предложении сочетание в конце концов является наречием, обозначающим финальное событие, и выполняет функцию обстоятельства; обособление не требуется: В конце концов Глеб и Роман накидали на пол старые пальто.

1. Чтобы ответить на этот вопрос, нужно знать происхождение фамилии. Если это французская фамилия с ударением на -а, она не склоняется. Если ударение падает на о или если ударение падает на -а, но фамилия не французского происхождения, она склоняется (и мужская, и женская).

2. Да, это ошибка, причём весьма распространенная. Часто не склоняют и фамилию Данелия. Но это нарушает литературную норму: грузинские фамилии на -ия в русском языке склоняются.

Пунктуация зависит от строя предложения и смысловых связей между словами. Если Иван – подлежащее, а фермер – сказуемое (об Иване сообщается, что он фермер), между этими словами ставится тире: Иван – фермер. Если слово фермер выступает как приложение, оно выделяется запятыми: С Иваном, фермером, наш корреспондент поговорил о жизни в деревне. Что касается дефиса: после собственного имени лица дефис ставится только в случае слияния определяемого существительного и приложения в одно сложное интонационно-смысловое целое. Дефис возможен в таком, например, контексте: Его все знали как Ивана-фермера.