При помощи сопоставления падежных форм мы определяем вовсе не одушевленность предмета, а одушевленность слова. Деление существительных на одушевленные и неодушевленные — это характеристика не окружающего мира, а особенностей грамматического поведения слов. Одушевленные и неодушевленные существительные склоняются по-разному (имеют разные формы винительного падежа), именно это мы и определяем. На основании этого грамматического деления нельзя судить о том, принадлежит ли какой-то объект сфере живого или неживого с точки зрения биологии, поскольку разграничение этих сфер отражается в грамматике неточно и в разные периоды развития языка по-разному.

Кавычки не нужны.

Предлагаем такой вариант: В состав набора входит пять кубиков: два – с гранью 20 см, два – 15 см и один – 5 мм.

Последний вариант орфографически корректен, он соответствует правилу координации. Но если нужно охарактеризовать шкаф именно словом ретро, рекомендуем поставить его в конец сочетания: книжный шкаф ретро. Ср.: мебель ретро. 

Запятая поставлена правильно. 

Сочетание по 2 рубля каждая играет роль определения при дополнении 5 линеек. Хотя местоименный распространитель каждая согласуется в роде с существительным линейка, это определение в целом близко к несогласованным (сравним вариант без распространителя: 5 линеек по 2 рубля). Следовательно, к нему применимы правила пунктуации при несогласованных определениях. В параграфе 53  полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина говорится, что если определяемое имя не имеет других (согласованных) определений, то обособление несогласованных определений факультативно. «В таком случае обособлению способствует необходимость указания на вполне конкретные, частные признаки предмета или признаки временно́го характера, приписываемые предмету в данный момент: Крошки, размером с конопляное зерно, должны быть тщательно подобраны (Вороб.); Доктор, со шпагою в руке, выбежал в спальню (Тын.). Ср., однако: Продавец в чистом белом халате и синей шапочке обслуживал… клиента (Булг.)». Исходя из такой формулировки, можно утверждать, что приведенное предложение корректно как с запятой, так и без.

Существительное покойник одушевленное, существительное труп – неодушевленное.

Хотя признак одушевленности существительных тесно связан с представлением о живом / неживом, категория одушевленности / неодушевленности – это грамматическая категория, она имеет формальные средства выражения и не всегда последовательно отражает деление на живое / неживое. Одушевленные существительные имеют совпадающие окончания мн. числа винительного падежа  и родительного падежа, а для существительных муж. рода это распространяется и на ед. число: вижу покойника, вижу покойников (ср. в род. падеже: нет покойника, нет покойников). Неодушевленные существительные имеют совпадающие окончания мн. числа винительного падежа и именительного падежа, а для существительных муж. рода это распространяется и на ед. число: вижу труп, вижу трупы (ср. в именительном падеже: труп, трупы).