Приведенное Вами наименование может писаться строчными буквами, ср.: факультет журналистики, кафедра общего языкознания, отдел культуры русской речи. Однако если в университете есть другие научно-исследовательские лаборатории и уже устоялось их написание с заглавной буквы, то новое название нужно писать по аналогии.

Слово уже зафиксировано орфографистами в форме чиабатта (см. академический орфографический ресурс «Академос»). Написания чао и чиабатта обусловлены тем, как слова осваивались русским языком. Одни и те же буквосочетания языка-источника могут обретать разную звуковую и буквенную форму в языке, принимающем заимствование.

Такое употребление корректно. Пионерный – к пионер в знач. «первопроходец; тот, кто прокладывает новые пути в какой-л. сфере деятельности, в науке, культуре; новатор, зачинатель». Пионерский – к пионер в знач. «член детской организации». Правда, в сочетании новые пионерные технологии слово новые уже лишнее.

Постановка знака зависит от смысла. Если до этого уже разрабатывались биологически активные пептиды (были старые, а теперь разработаны новые), запятая не нужна. Если же новизна именно в том, что были разработаны биологически активные пептиды («новые, а именно биологически активные»), запятая нужна.

Словарями русского языка (см., например, «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова) уже зафиксировано слово порядка в значении 'около, приблизительно': высота – порядка ста метров. Такое употребление является разговорным, т. е. в живой устной речи оно вполне возможно.

Энциклопедию можно назвать и так и так, только слово энциклопедия в первом случае нужно писать со строчной буквы и не следует заключать его в кавычки. Но все же рекомендуем уточнить название издания (если это издание уже вышло) по его библиографическому описанию.

Если произношение слова не устоялось и не зафиксировано в словарях, то дать рекомендации затруднительно. Обычно советуют ориентироваться на тот вариант ударения, который чаще используется. Кроме того, нужно смотреть на конкретный случай: есть ли уже в языке аналогичные заимствования и т. п.

Для использования прописной буквы в этом названии оснований нет. Заключить его в кавычки (как сочетание, употребленное в новом терминологическом значении) можно. Кавычки будут уместны в статье для широкого читателя, еще незнакомого с этим явлением. В материалах «для посвященных» кавычки уже избыточны.

Сочетание сегодняшний день, изначально плеонастичное, уже вошло в литературный язык и нарушением нормы не является. Например, «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова фиксирует: На сегодняшний день (в настоящий момент). Жить сегодняшним днём (не думая о будущем).

Слово початый  зафиксировано в словарях русского языка как разговорное в значении 'начатый, уже употребленный, вскрытый', возможно раздельное написание НЕ с этим словом именно в этом значении. Однако в устойчивом выражении непочатый край правильно слитное написание (несмотря на наличие зависимого слова еще).