Всё зависит от типа текста: рассказывая о своем предке, Вы, разумеется, вправе называть его Тимофеем Михайловичем, однако при цитировании официальных документов должны приводить оригинальную форму записи.
Запятая не нужна.
К сожалению, игра «Балда» на нашем портале больше не доступна.
Можно попробовать выяснить это при помощи Национального корпуса русского языка: http://ruscorpora.ru/
Верно написание со строчной: Было принято решение созвать церковный собор. Слово собор в значении 'собрание высшего христианского духовенства' всегда пишется со строчной буквы, словосочетание церковный собор не является названием уникального мероприятия и тоже пишется со строчной буквы.
Поскольку мы не видим текста целиком, то можем сказать только следующее. В предложении У самой вершины старой ели, в густых ветвях, свили гнездо тетеревятники-ястребы говорится о птицах (они названы здесь словами тетеревятники-ястребы). В предложении Много лесных тайн, сказочных чудес видят они с высокой тёмной высоты также говорится о птицах: местоимение они служит средством связи между этим предложением и предыдущим и заменяет собою наименование тетеревятники-ястребы.
Меж - приставка, язык - корень, ов - суффикс, ой - окончание.
Чтобы разобрать эти слова по составу, необходимо воспользоваться следующими алгоритмами.
Разбор существительного:
1) изменив слово по падежам, выделить окончание и основу;
2) подобрав однокоренные слова, выделить корень;
3) выделить приставку и суффикс.
Разбор глагола:
1) определить форму глагола;
2) изменив глагол, найти формообразующие морфемы: окончание и суффикс;
3) выделить основу (подсказка: в основу не входят все формообразующие морфемы);
4) подобрав однокоренные слова, выделить корень;
5) выделить приставку.
Информация доступна здесь.